La quarta stagione e la quinta, metteranno in campo l'intero equipaggio in ogni singolo episodio che a bordo della penultima versione dell'avveniristica nave scientifica da combattimento denominata U.S.S. Futura NX-93342-D dovrà risolvere ed affrontare sfide e momenti davvero difficili.
La quarta stagione metterà fine (...apparentemente!) alla rivalità tra Kelly Shannon ed Hera la corruttrice di Orion che raggiungerà il suo l'apice nel doppio episodio finale della Season 4 (24 & 25), la comandante di Futura sarà posta di fronte ad un bivio...ovvero la morte o la vita di Hera.
Lo spirito legato alla logica ed al senso della giustizia farà si che Kelly bloccherà 3of4 nel momento dell'esecuzione di Hera, questa verrà dunque rinchiusa su un pianeta di massima sicurezza sotto controllo della fazione Andoriana per il resto della sua vita.
In diversi episodi assisteremo a grandi battaglie spaziali tra Federazione, Klingon e Romulani senza dimenticare lo zampino dei Dominion.
I nostri faranno diverse tappe su alcune stazioni spaziali tra cui un ritorno sulla DS9 nell'episodio "Azzardato coraggio" e "Senza margine d'errore".
I protagonisti di Star Trek Futura giungeranno addirittura su un pianeta misteriosamente non segnalato su nessuna mappa stellare che pare possedere la possibilità di donare la vita eterna a chiunque decida di vivere su di esso, il pianeta si chiama Nirvanya ed in realtà è un'organismo senziente dalla forma planetaria. Esso si nutre dei sogni dei suoi ospiti in cambio della vita eterna e dell'infinita gioia, ma poco alla volta la propria identità pare svanire fino a ridurre un'essere vivente in un vegetale incapace di muovere un solo muscolo.
Al termine della quinta ed ultima serie, verremo finalmente messi al corrente su chi siano i Signori del Tempo i così detti semi-divini che hanno donato inspiegabilmente una super nave spaziale invincibile al peggiore degli esseri umani, Lord Mongher Primus il padre di Kelly.
Naturalmente l'ultima stagione vedrà il decisivo confronto tra padre e figlia nei tre episodi finali della serie di Star Trek Futura.
La nave comandata da Kelly grazie alla tecnologia dei signori del tempo, potrà rivaleggiare ad armi pari finalmente con la colossale nave spaziale di Lord Mongher.
Lo scontro sarà vinto dall'equipaggio di Futura ma la nave spaziale del Capitano Shannon e quella di Lord Mongher Primus si distruggono nel furioso scontro che prosegue poi corpo a corpo sulla superficie di un pianeta vicino.
Il padre di Kelly esce di scena lanciato dalla cima di una collina da Tolak che interviene in tempo (nonostante sia ferito gravemente) prima che Lord Mongher Primus uccida una stremata e sanguinate Kelly Shannon ormai senza forze.
La serie mostra gli avvenimenti sei mesi dopo lo scontro finale, la storia pare chiudersi ma negli ultimi secondi dell'episodio finale 3of4 accenna qualcosa su un progetto denominato F.tr-E e che richiede la supervisione di Kelly Shannon per un prossimo futuro, il Capitano accenna un sorriso d'intesa e si allontana.
Cronologia temporale della serie di Star Trek Futura
2409 (Prima serie)
2411 (Seconda serie)
2412 (Terza serie)
2413 (Quarta serie)
2414 (Quinta serie)
